Židovská synagoga ve Čkyni na Prachaticku patří k několika málo vesnickým synagogám v České republice, které se podařilo zachránit.
Původní synagoga, zřejmě z 18. století, stála v areálu panského sídla Vysoký dvůr. Vrchnost ji však přeměnila na sýpku a jako náhrada byla na náklady majitele panství, JUDr. Karla Claudi, postavena nová synagoga v místě zvaném „Poříčí“. Stavba začala 14. dubna 1828 a 26. září téhož roku do nové svatyně vstoupili čkyňští Židé. Později, již pod správou Židovské obce, přibylo západní patro se zimní modlitebnou a poblíž, na místě bývalého potoka, také domek s rituální lázní – mikve. Areál Vysokého dvora s původní synagogou zanikl v 70. letech 20. století.
Čkyňská synagoga (č. p. 105) je mohutná jednotraktová klasicistní stavba, v níž se nachází hlavní sál i zimní modlitebna. Prostory v západním přízemí dříve sloužily jako byty duchovních a škola, dnes fungují jako informační centrum, knihovna se studovnou a promítací sál. Součástí areálu je také drobná stavba, původně garáž pro pohřební vůz, nyní zázemí venkovní kavárny.
K pravidelným bohoslužbám sloužila synagoga do roku 1895, příležitostně ještě do konce první světové války. V roce 1922 byla prodána do soukromých rukou a postupně přestavěna na obytný dům a truhlářskou dílnu. V listopadu 1942 odtud na svou poslední cestu do Terezína a později Osvětimi odchází sestra tehdejší majitelky, Julie Červinková, spolu s ostatními obyvateli Čkyňska židovského původu. Jejich jména a společný osud jsou dnes připomenuty jako věčné memento na zdi hlavního sálu synagogy. V prostoru se nachází také poutavá expozice o synagogách v okolí, které z různých důvodů zanikly beze stopy. Dochované příběhy doplňuje přesný kovový model.
V roce 1988 koupila objekt bývalé synagogy Jednota, spotřební družstvo Vimperk, a od roku 1991 je budova ve vlastnictví obce Čkyně. Za finanční podpory institucí i jednotlivých dárců probíhala postupná rekonstrukce střechy, oken, stropů i podlah. Za projektem stála Společnost pro obnovu synagogy ve Čkyni pod vedením dr. Jana Podlešáka a Obec Čkyně. Závěrečná fáze rekonstrukce byla realizována v letech 2011–2013 z fondů Evropské unie a Obce Čkyně (Program přeshraniční spolupráce Česká republika – Svobodný stát Bavorsko) pod názvem Krajina spojuje: Zámek Wolfstein – Synagoga ve Čkyni.
V dubnu 2014 byla bývalá synagoga otevřena veřejnosti jako multikulturní prostor pro výstavy, koncerty, přednášky a především setkávání. Synagoga znovu ožila i díky darům potomků čkyňských Židů z USA, například restaurované iluzivní malbě, která je klíčovým prvkem v hlavním sálu modlitebny, či darovanému parochetu (oponě) v zimní modlitebně. Ta zakrývá schránu na Tóru přenesenou z původní synagogy. V ní je uložen restaurovaný svitek výjimečné historické Tóry, nalezený při opravě střechy v překvapivě dobrém stavu..
K atmosféře místa přispívají i živé prvky, mohutná stará lípa před vchodem a přibližně sto let starý keř vinné révy.
Asi 500 metrů jihovýchodně od obce leží nad železniční tratí Strakonice – Vimperk – Volary židovský hřbitov. Ukrytý v lesíku vypráví příběh místní komunity, která tu žila po staletí. Mezi více než čtyřmi sty náhrobky jsou barokní i klasicistní kameny s bohatou symbolikou. Nejstarší pochází z roku 1687.
